昌寧瀾滄江縣級自然保護區位于瀾滄江的中段,地跨怒江、瀾滄江水系。保護區主要沿瀾滄江兩岸延伸,包括瀾滄江西面的天堂山6511.8公頃、東面的老君山7048.2公頃,總面積13560公頃。保護區生態系統多樣,同時擁有森林、濕地、草原植被,是全國西南生態安全屏障的重要組成部分。
瀾滄江昌寧段是全球生物多樣性地區之一,也是我國特有物種分布的地區之一,是重要的生物多樣性寶庫。保護區共記錄獸類9目28科66種,其中國家級保護17種,包括穿山甲、蜂猴等I級重點保護動物8種,熊猴、獼猴等Ⅱ級重點保護動物9種。記錄鳥類15目42科144種,包括國家級重點保護鳥類28種,其中I級保護鳥類黑頸長尾雉、綠孔雀、冠斑犀鳥3種,II級保護鳥類25種。兩棲爬行動物4目12科54種。
保護區地貌復雜,古老類群豐富,天然植被分為7個植被型、8個植被亞型、38個群系,共有高等植物190科906屬2183種。其中:有云南特有種植物81個,天堂大頭茶和昌寧蘭為獨有種;有國家重點保護植物18種,包括國家Ⅰ級保護植物云南紅豆杉、長蕊木蘭2種,Ⅱ級保護植物中華桫欏、水青樹等16種。